Den daglige ledelse af Biologisk Institut varetages af institutleder, professor Bo Riemann og viceinstitutleder, professor Niels Peter Revsbech.

Der er ved instituttet nedsat en række udvalg, som rådgiver ledelsen indenfor det pågældende udvalgs specifikke sagsområde. Desuden er der udpeget seks ledere af forskningsgrupperne, sektionsledere, som dels varetager kontakten mellem ledelsen og forskningsmiljøerne, og dels udfører en række administrative opgaver for ledelsen. Formændene for de forskellige udvalg og sektionslederne fungerer som sparringspartnere for instituttets ledelse. 

Udvalgenes arbejde kan følges i årlige rapporter. Den samlede årsrapport fra 2010 kan ses her.

Rapporter fra tidligere år kan ses her