Specialebørs
www.biology.au.dk opdateres ikke!
Biologisk Institut er pr 1.6.2011 en del af Institut for Bioscience og siderne opdateres ikke. Se det ny instituts hjemmesider på www.bios.au.dk !
20.2.2012 Biomasse og bioenergi: Anvendelse af høj-produktive græsser til biomasse produktion på lavbundsjorde
Baggrund
Marginaljorde og lavbundsjorde tages i stigende grad ud af normal landbrugsdrift fordi det ikke er rentabelt at dyrke enårige afgrøder på disse. Der er derfor stigende fokus på, om disse jorde kan udnyttes til produktion af biomasse, der kan anvendes som bioenergi. I et nystartet EU-finansieret projekt - www.grassmargins.com – undersøges potentialet for at udnytte fire arter af flerårige græsser som energiafgrøder. Arterne er Rørgræs (Phalaris arundinacea), Strand-Svingel (Festuca arundinacea), Elefantgræs (Miscanthus sacchariflorus), og Almindelig Hundegræs (Dactylis glomerata). Den specialestuderende vil skulle medvirke ved gennemførsel af undersøgelser til belysning af de fire græssers tolerance over for at vokse på vandmættede jorde.
Metoder
Undersøgelserne gennemføres som et storstilet potteforsøg i felten med ca. 120 eksperimentelle enheder, samt som mere kontrollerede laboratorieeksperimenter. Vandstand og dræningsforhold vil blive manipuleret med henblik på at identificere genotyper med stor tolerance til at vokse på vandmættet jord. Screeningen af genotyperne inkluderer måling af planternes økofysiologiske responser, inkl. overlevelse, vækst, rod/top-forhold, rod porøsitet (dannelse af luftvæv), fotosyntese og transpiration. Eksperimentet vil blive stillet op i foråret 2012 under kontrollere forhold på forsøgsfaciliteterne ved AU Foulum. Feltforsøgene suppleres med laboratorieeksperimenter og analyser, der udføres ved Plantebiologi på AU campus.
Vejledning
Projektet udføres under vejledning af Prof. Hans Brix, Institut for Bioscience, og Seniorforsker Poul Erik Lærke, Institut for Agroøkologi. Den detaljerede planlægning af undersøgelserne vil foregå i samarbejde med en ph.d.-studerende, der er tilknyttet projektet. Kontakt Hans Brix (hans.brix@biology.au.dk) eller Poul Erik Lærke (PoulE.Laerke@agrsci.dk) for yderligere information.
10.1.2012 8000 EUR (60.000 DKK) stipend from JPK Instruments for Master Project:
Single-cell AFM force spectroscopy for analysis of eDNA's role in bacterial attachment
Background:
Many bacteria attach to abiotic surfaces and form a layer of cells encapsulated in matrix of biopolymers - this is known as a biofilm. Bacteria become highly tolerant towards antibiotics when living in
biofilms, and biofilms on e.g. medical implants can therefore cause chronic and often life threatening infections. In the effort to design novel antibacterial surfaces, it is important to understand exactly how bacteria attach to abiotic surfaces. A somewhat surprising discovery is that many bacteria use extracellular DNA (eDNA) to facilitate their attachment and subsequent biofilm formation. The image to the right shows a network of DNA in a biofilm (Jurcisek et al. 2007). It is still an open question
exactly how eDNA contribute to bacterial attachment and biofilm formation.
The project:
In this project, we seek to understand how eDNA mediates attachment of bacteria to abiotic
surfaces. We will measure the interactions between bacteria and abiotic surfaces at the single-cell
level using atomic force microscopy (AFM). Bacterial cells will be immobilised on the tip of a
cantilever. The interaction between the cell and a surface will then be measured by force
spectroscopy (see image), which quantifies interaction forces when approaching and retracting
the cell from a particular surface. Understanding the impact of eDNA on these interaction forces is
the aim of the project. A technical challenge is to establish a robust method for immobilising living bacteria on the cantilever tip. Previous studies have already done this, but a "gold standard" for immobilisation has not been established. The first half of the project will therefore be spent on evaluating and optimising best-practice for immobilising bacterial cells on a cantilever for the subsequent singlecell studies of bacterial adhesion.
Supervisers: Supervisors: Rikke Louise Meyer and Brigitte Städler
Application by email to Rikke Louise Meyer (rikke.meyer@inano.au.dk).
Application deadline: 1. February 2012.
Application should contain a 1-page CV and ½ page motivation for the application.
Start date: Early-mid 2012
22.11.2011 How do aquatic species become invasive? - Phylogeography, population ecology, gene flow, evolution
In the last century several aquatic species have attained a global distribution. Besides representing a threat to biodiversity, they are of global environmental and economic concern. The aim of the proposed MSc project is to understand the genetic dynamics behind distribution range expansion in some clonal aquatic plants.
Methods: The genetic diversity pattern, obtained from DNA sequencing, microsatellites and AFLPs, will be studied with phylogenetic and population genetics analyses in order to detect the evolutionary events that have proven successful in the history of the species and have driven its ecological adaptability and spread.
For more information please contact:
Carla Lambertini: carla.lambertini@biology.au.dk
Hans Brix: hans.brix@biology.au.dk
29.09.2011 Biodiversitet i energipil
Baggrund
Flerårige energiafgrøder såsom energipil optager en stigende andel af landbrugsarealet. Disse afgrøder adskiller sig markant fra enårige afgrøder ved, at der etableres et kronelag og ved, at pesticidanvendelse og jordbehandling er minimal efter etablering af kulturen. Vores viden om effekterne af energipil på natur og biodiversitet i agerlandet er endnu ufuldstændige. Der findes en teoretisk sammenhæng mellem planteproduktion/biomasse og diversitet i plantesamfund, men det er uvist nøjagtigt, hvordan denne sammenhæng ændres ved etablering af en flerlaget vegetation, hvor vedplanterne begrænser væksten i urtelaget. Energipil som høstes regelmæssigt rummer en ”gratis” mulighed for at kvantificere biomasse og produktion af vedplantelaget til brug for statistiske tests af sammenhængen mellem produktion og diversitet.
Metode
Bestemmelse af stående biomasse og artslister fra prøvefelter i energipilebevoksninger med varierende produktivitet (grundet jordbund, pileart mv.). Bestemmelse af stående biomasse og artslister fra nabovegetation uden for pilens skygge. Bestemmelse af stående biomasse og artslister fra nabovegetation uden for pilens skygge og røddernes rækkevidde. Statistiske tests af sammenhænge mellem biomasse af pil, urtelag og plantediversitet og sammensætning.
Vejledning
Projektet udføres under vejledning af Rasmus Ejrnæs, Biodiversity & Conservation og Finn Borchsenius, Integrative ecology and evolution.
Kvalifikationer
Godt plantekendskab og kørekort
29.08.2011 How does acclimation to hypoxia affect air-breathing fish? - A relevant study for tropical aquaculture
The striped catfish Pangasianodon hypophthalmus is a tropical air-breathing fish of enormous economic importance for aquaculture in South-East Asia. Pangasius has large well-developed gills. Thus, in contrast to most other air-breathing fish, it has a large capacity for aquatic respiration, and only relies on air-breathing when there is little oxygen in the water (hypoxia). We are very interested in studying whether acclimation to hypoxia acclimation affects metabolism, the reliance on air-breathing, and the capacity for aquatic respiration. The studies will involve measurements of blood composition, gill surface area, and the critical oxygen tension (= the level of oxygen below which basic life functions cannot be maintained). The effect of hypoxia acclimation is of huge interest to the aquaculture industry.
This project offers a chance to work with several different techniques, such as bimodal intermittent-closed respirometry – an in house designed system to measure metabolic rate in air-breathing fish as well as different histological methods to determine gill surface area. There is a large flexibility in the types of experiments which can be carried out within this project, depending on the field of interest.
The project will be based at the department of Zoophysiology (Bioscience, Faculty of Science), with some work carried out at Histology (Anatomy, Faculty of Health). It is also possible to include a visit to College of Aquaculture and Fisheries at Can Tho University in Vietnam, where several students from Zoophysiology have visited over the past 5 years. If you want a master thesis with a strong physiological foundation but at the same time with results that reach the other side of the world – this is it!
Contact: Sjannie Lefevre (sjannielefevre@gmail.com, Bygn. 1134, 124)
Mark Bayley (mark.bayley@biology.au.dk, Bygn. 1131, 232)
Hans Malte (hans.malte@biology.au.dk, Bygn. 1131, 224)
Tobias Wang (tobias.wang@biology.au.dk, Bygn. 1131, 221).
01.08.2011 Specialeprojekt om biofilm
De fleste bakterier lever ikke som de fritsvømmende celler vi kender fra kolberne i laboratoriet. Vi finder faktisk primært bakterier hæftet til overflader rundt omkring. Her danner de det, vi kalder en biofilm (se figur). Bakterier bliver meget robuste, når de danner biofilm. Biofilm er derfor en vigtig kilde til kontaminering af fødevarer, og de er skyld i mange infektioner, som ender med at blive kroniske pga. bakteriernes høje tolerance over for antibiotika.
Min gruppe forsker i at forstå, hvordan biofilm dannes og hvordan de kan forhindres. Du har mulighed for enten at lave et rent grundvidenskabeligt projekt, eller et mere anvendt projekt, fx i fællesskab med mine samarbejdspartnere ved Danisco, Arla, eller Teknologisk Institut.
Eksempler på mulige projekter:
- Ekstracellulært DNA som anker for biofilm: Hvordan bruger bakterier DNA uden for cellen til at hæfte sig fast til overflader og andre bakterier?
- Undersøgelse af biofilm i mejerisystemer (samarbejde med Arla): Hvilke bakterier danner biofilm i varmevekslere og hvordan overlever de?
- Undersøgelse af naturlige antimikrobielle stoffer (samarbejde med Danisco): Hvordan slår de bakterier ihjel, og kan de bruges kommercielt?
Egne projektideer er også altid velkomne.
Venlig hilsen
Rikke Meyer
Tlf. 60202794
E-Mail: rikke.meyer@biology.au.dk
Lokale: bygning 1540 lok. 136
8.7. 2011 Muligheder for speciale – populationsgenetik, evolution, conservation, DNA
Hvis du er interesseret i genetik, evolution og hvorledes man bruger DNA-analyser i arbejdet med at bevare truede arter og populationer, så er der mulighed for at lave speciale hos os. Vi arbejder især med fisk, og i øjeblikket ål, trepigget hundestejle og bæk/sø/havørred (det er samme art). Der sker i øjeblikket en vildt spændende udvikling indenfor vores felt, hvor man fra at kigge på gener i stigende grad kigger på hele genomer (og vi er selvfølgelig med på vognen).
Ål: Alle europæiske ål ser ud til at udgøre én stor panmiktisk population. Vi undersøger bl.a., hvordan ål fra én og samme bestand kan klare sig under næsten arktiske forhold i Island og subtropiske forhold i Middelhavsområdet. Vi prøver også at undersøge artsdannelse mellem europæisk og den nært beslægtede amerikanske ål, som begge gyder i samme område men ikke desto mindre er forskellige arter. Den europæiske ål er desværre nu så truet, at den er opført som ”critically endangered” på IUCNs Rødliste, og vi vil prøve at analysere dens demografiske historie ved hjælp af DNA data. Vi har en masse prøver fra hele udbredelsesområdet, inklusiv ålelarver fra Sargassohavet, som vi indsamlede under Galathea.
Trepigget hundestejle: Hundestejlen er fiskenes svar på bananfluen, og bl.a. er dens genom blevet sekventeret. Den findes både i havet, i større vandløb og søer og selv i små vandhuller. Vi vil undersøge v.hj.a. DNA-analyser, hvorledes hundestejler er tilpassede de lokale miljøer, især små, ekstreme miljøer med varmestress om sommeren. Dette vil bl.a. kunne give information om, hvordan organismer kan tilpasse sig klimaforandringer.
Ørred: I samarbejde med DTU Aqua og et norsk firma (CIGENE) er der udviklet en chip, som kan analysere 5000 SNPs (genetiske markører) per individ i ørreder. Vi vil bruge denne metode til at analysere lokale tilpasninger i ørredpopulationer og til også at besvare en hel masse andre spørgsmål.
Hvis du er interesseret i disse emner, er du meget velkommen til at henvende dig til:
Michael M. Hansen (4024 7191) mmh@biology.au.dk
23.5.2011 Edderkopper, Evolution og Bioinformatik
Parringssystemer spiller en stor rolle for arters evolution. Vi studerer edderkopper der har udviklet sociale og indavlende parringssystemer, for at undersøge hvorledes det påvirker deres evolutionære potentiale.
Dette projekt indebærer:
- bioinformatik – håndtering af store mængder DNA data
- molekylær populationsgenetik – for at bestemme mængden af genetisk variation
- molekylær evolution – for at detektere spor af indavl i genomer
Hvis du er interesseret i at høre nærmere så kontakt:
Jesper Bechsgaard (jesper.bechsgaard@biology.au.dk) eller
Trine Bilde (trine.bilde@biology.au.dk)
11.05.2011 Fugle: En habitat-økologisk analyse af den fortidige (Sen-Pleistocæn) fuglefauna i Nord- og Centraleuropa – implikationer for naturforvaltningen
Indeholder: Kreativt databasearbejde, GIS- og statistisk modellering. Start: Fleksibelt.
Specialevejleder: Jens-Christian Svenning, Økoinformatik og Biodiversitet
For yderligere information, skriv til: svenning@biology.au.dk
11.5.2011 Pattedyr: Adfærdsinteraktioner mellem kronhjort, vildsvin, rådyr i Lille Vildmose
– er der effekter på arternes rumlige fordeling og vegetationspåvirkning? Implikationer for naturforvaltning med fritgående store planteædere
I samarbejde med Center for Makroøkologi, Evolution og Klima (CMEC), Københavns Universitet. Indeholder: Zoologisk feltarbejde, GIS- og statistisk modellering. Start: Fleksibelt.
Specialevejleder: Jens-Christian Svenning, Økoinformatik og Biodiversitet
For yderligere information, skriv til: svenning@biology.au.dk
11.5.2011 Planter: 20 års dynamik i floraen i skovene ved Kalø – er der en klima-effekt?
I samarbejde med DMU-Kalø. Indeholder: Botanisk feltarbejde, vegetationsanalyser, GIS-modellering. Hvornår: Start: forår 2011 eller forår 2012.
Specialevejleder: Jens-Christian Svenning, Økoinformatik og Biodiversitet
For yderligere information, skriv til: svenning@biology.au.dk
11.5.2011 Planter: Vands indflydelse på vegetationens fordeling på Vorup Enge (Randers)
I samarbejde med Randers Regnskov. Indeholder: Botanisk feltarbejde, vegetationsanalyser, GIS-modellering. Start: forår eller sommer 2011.
Specialevejleder: Jens-Christian Svenning, Økoinformatik og Biodiversitet
For yderligere information, skriv til: svenning@biology.au.dk
3.2.2011 Udviklingen i vejkanternes flora i agerlandet (Speciale i samarbejde mellem Danmarks Miljøundersøgelser & Biologisk Institut)
Baggrund
I 1968-1969 blev der gennemført en undersøgelse af floraen i 50 danske vejkantsstrækninger i agerlandet. I 2000 blev denne undersøgelse gentaget i 37 vejkanter i Fyn og Jylland. Undersøgelsen viste en omfattende tilbagegang i diversiteten af plantearter og en generel forskydning fra specialiserede græslandsplanter til konkurrenceplanter. De to tidligere undersøgelser giver et fantastisk godt grundlag for en opfølgende undersøgelse som kan vise om tilbagegangen er fortsat gennem det seneste årti.
Vejkanter i agerlandet eksponeres for både næringsstoffer, vejsalt og pesticider. Alle faktorer kan påvirke vegetationssammensætningen. I projektet er det muligt at undersøge betydningen af alle faktorer.
Metode
Der gennemføres en inventering af 730 prøvefelter fordelt på 37 vejkanter, hvor plantearternes tilstedeværelse registreres. I udvalgte felter tages jordprøver til analyse for næringsstoffer og belastning med vejsalt. For at undersøge hypotesen om en effekt af herbicider på vejkanternes plantearter gennemføres eksponeringsforsøg med herbicider på udvalgte plantearter. Feltarbejdet vil foregå i juli måned.
Rapportering
Studiet egner sig til videnskabelig publicering, men kan også rapporteres i dansksproget rapport.
Organisering
Studiet vil finde sted under vejledning af Rasmus Ejrnæs ved Afdeling for Vildtbiologi og Biodiversitet på Kalø, Beate Strandberg og Christian Damgaard ved Afdeling for Terrestrisk Økologi i Silkeborg samt Finn Borchsenius ved Biologisk Institut. Vejlederteamet har ekspertise i vegetationsundersøgelser, pesticid-forsøg og statistiske analyser.
Projektet kan gennemføres af en studerende, men egner sig særligt godt til et dobbelt speciale. Specialestart vil optimalt set være fra maj eller primo juni således at den praktiske planlægning er på plads til feltarbejdets start.
1.2.2011 GBIF Young Researchers Award
GBIF is calling proposals for candidates for their Young Researchers Award.
The main objective of the Young Researchers Award (YRA) is to foster innovative research and discovery in biodiversity informatics by graduate students in masters and doctorate programs at universities in countries participating in the GBIF network. Proposals are submitted through the Danish GBIF node DanBIF.
Two awards of 4000€ will be available in 2011.
Proposals should be sent to Finn Borchsenius [finn.borchsenius@biology.au.dk] before before March 8. 2011.
See more at: http://www.danbif.dk/News/young-researchers-award-2011
25.1.2011 Alger til Energi og Miljøforbedring
● innovation ● samfundsrelevans ● grøn energi ● bæredygtighed ● økologi ● miljøforbedring ●
Biologi speciale med samfundsrelevans!!
- er det noget for dig?
Vi forsker i at bruge makroalger (tang) til
- Miljøforbedring (rensning af spildevand, gylle og røggas)
- Grøn energiproduktion
- Optagelse af næringsstoffer fra havbrug
- Bæredygtigt tilskud til økologisk dyrefoder
- Sund og spændende fødevare til mennesker
Vi har brug for interesserede og motiverede specialestuderende til flere af vores projekter.
Specialet kunne omhandle:
- Dyrkning af alger på spildevand – hvad er effekten på vækst, biomasseudbyttet og fødevaresikkerhed? Og hvor stort er potentialet for miljøforbedring?
- Dyrkning af alger på røggas - hvad er effekten på vækst, biomasseudbyttet og fødevaresikkerhed? Og hvor stort er potentialet for miljøforbedring?
Vi er afdeling for Marin Økologi på Danmarks Miljøundersøgelser (DMU), Aarhus Universitet. Vi holder til i Silkeborg, hvor vi forventer du også vil være - og vi har følgende faciliteter:
- Laboratorier, klimarum og kontor hos DMU i Silkeborg
- AlgeCenter Danmark - et udendørs dyrkningsanlæg til alger opført i sommeren 2010 i samarbejde med Teknologisk Institut, Havets Hus og Kattegatcentret i Grenå
Er du interesseret i at høre nærmere, så kontakt:
Forsker, Annette Bruhn (8920 1434)
anbr@dmu.dk
Seniorrådgiver, Michael Bo Rasmussen (8920 1432)
mir@dmu.dk
Specialestuderende, Mette Nielsen (8920 1434)
meni@dmu.dk